A mélyépítés magába foglalja a vízellátás és csatornahálózat építés, földművek (támfalak építése), alapozások tervezését. A Molekula-Szeged a mélyépítésen belül a vízépítéssel és a felszín alatti közegben épült mérnöki szerkezetek,  műtárgyak elhelyezésének tervezésével, azok felszín alatti közegre való  hatásának teljes körű vizsgálatával foglalkozik.

Az építőmérnöki feladatok közül a vízépítési tevékenység körébe tartozónak azokat tekintjük, amelyeket a vízzel való kapcsolat minden részfeladatban meghatározóan érint. A vízépítés magába foglalja mindazon műszaki tevékenységek összességét, amelyek a víz felhasználásával, a fölösleges és káros vizek elvezetésével, a víz szabályozásával kapcsolatosak.